Станица Прохладная была основана в 1765 г. как поселение казаков с Дона и Днепра. В 1824 г. станица стала частью новой – Моздокской – укрепленной казачьей линии и форпостом на южной окраине России.

О названии станицы существует несколько легенд, переходящих из поколения в поколение. Так, одна из них рассказывает, что «однажды Павел Сергеевич Потемкин, наместник края, посетил эти места. Проезжая по пыльной дороге, что проходила по берегу реки Малка, приметил он в густой дубраве дымок. Через некоторое время увидел Потемкин на берегу реки небольшое, всего в шесть хозяйств, поселение. Дело было летом. Стояла изнуряющая жара. Но от реки веяло прохладой, густые кроны дубов не пропускали горячих лучей солнца. Поселение, расположенное у реки, на широкой лесной поляне, все утопало в густой зелени разнотравья, и было здесь на удивление прохладно». Так под впечатлением окружавшей его красоты и прохлады и дал якобы П. С. Потемкин — видный петербургский сановник, наместник огромного Кавказского края, сподвижник императрицы российской Екатерины II — увиденному им поселению название Прохладный.

Другая легенда рассказана была в свое время старыми казаками-прохладянами Александром Григорьевичем Клименко, Иваном Максимовичем Бирюком, Иваном Никифоровичем Головчанским и говорила она о том, что «любили казаки побаловаться чихирем, да иногда так пили, что чихирь валил их с ног. Но атаман, командовавший казаками, человеком был строгим, крепко держал дисциплину среди казаков. Попадавшихся ему пьяных он отправлял на кордон (в этом районе сейчас располагается железнодорожный мост через реку Малку). На кордоне были холодные ключи, и казаков отправляли сюда для протрезвления — «на прохладу». И часто, встречаясь на улице, спрашивали казачки друг у друга:
— Где твой-то?
— Да на прохладе, на кордоне!
И отправляли казаков на эту прохладу довольно часто. Так и прижилось к этому месту название Прохлада, Прохладный».
(В.М. Крушельницкий, «Верность – о людях и делах земли Прохладненской»)

Через Прохладную проходил почтовый тракт, связывавший Россию с Закавказьем. С 1860 г. станица стала центром Пятигорского отдела Терского казачьего войска. После открытия в 1875 г. железной дороги Ростов – Владикавказ, железнодорожная станция Прохладная стала важным торговым центром.

Среди прохладненских казаков очень распространено было куначество с жителями соседнего кабардинского селения Алтуд. Иногда кабардинцы отдавали своих сыновей на несколько лет в казачью семью на воспитание. Согласно обычаю аталычества, между семьями ребенка и его воспитателей устанавливались родственные отношения.

Жители Прохладной и других станиц всегда общались с горцами — своими соседями. Они ездили к ним в гости, обменивались с ними подарками, взаимно выручали друг друга хлебом, семенами, лошадьми и т. д. Все это способствовало развитию между нами дружбы, взаимовыручки, куначества.

Особенно много кунаков у прохладян было в селениях Алтуд, Карагач, Баксан. Жители Екатериноградской, Приближной, Пришибской много кунаков имели в Малой Кабарде. Куначество как социальное явление, явление дружбы, взаимоподдержки существовало очень долго, вплоть до XX века.
(В.М. Крушельницкий, «Верность – о людях и делах земли Прохладненской»)

В 1937 г. Прохладная получила статус города и стала называться «Прохладным».

Выросший из станицы город Прохладный находится на левом берегу реки Малка (приток Терека), приблизительно в 60 км к северо-востоку от Нальчика.

В январе-феврале 1996 в Прохладном формировался добровольческий казачий Ермоловский батальон.